עמותת עדן הוקמה בשנת 1997 ע"י ובתחילת דרכה עסקה בפרויקטים שונים בתחום החינוך.
בשנת 2005 הוקמה פנימיית עדן בקיבוץ כרמיה ליד אשקלון וטיפלה בתחילה בעשר נערות. 

מאז שנת 2007 הלכה והתרחבה פנימיית עדן וכיום היא מטפלת בכ-60 נערות הסובלות מטראומה מורכבת ומוצאות מביתן על מנת לאפשר להן טיפול מותאם. הפנימייה מוכרת כמסגרת מקצועית במיוחד בתחום ההשמה החוץ ביתית בארץ, זאת בזכות העבודה על פי מודל עדן – מודל לטיפול פמיניסטי דיאלקטי במסגרת מכוונת טראומה.

בשנת 2010 הוקם בית-ספר עדן, בית ספר ייחודי המאפשר לכל נערות הפנימייה תהליך למידה מותאם אישית תוך בניית תחושת הערך והמסוגלות העצמית שלהן. בית הספר פועל בשיתוף עם תוכנית היל"ה במשרד החינוך.

בשנת 2021 הוקמה בקיבוץ דורות עדן-המכינה – תוכנית לליווי צעירות הסובלות מפוסט טראומה הזקוקות למענה הוליסטי בכניסתן למעגל העבודה.

בשנת 2022 נפתח מרכז עדן 51 בקיבוץ דורות אשר מארח ומלווה על פי מודל עדן ארגונים וחברות, מסגרות ואנשי טיפול וכן נשים בקהילה.

לאחר אירועי ה-7 לאוקטובר 2024, שטלטלו את העובדות, המוטבות והקהילה שבה פועלת העמותה הוקמו שתי תוכניות חדשות:

עדן בשבילך- מרכז טיפול קהילתי לנשות ונערות עוטף עזה והערים הסמוכות, ופרויקט נשים מספרות מלחמה- לתיעוד קולן של הנשים.